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外泌体适配体筛选的 SELEX 技术:5 大核心方法拆解,精准捕捉 “细胞信使”

       外泌体作为疾病早期诊断的 “黄金生物标志物”,因 “小尺寸(30~150 nm)、高异质性、低丰度” 的特性,常规识别工具难以精准捕捉。而SELEX 技术(指数富集的配体系统进化技术) 是筛选外泌体特异核酸适配体的 “核心手段”—— 通过多轮 “孵育 - 结合 - 分离 - 扩增”,从随机核酸文库中定向筛选出能高亲和、高特异结合外泌体的适配体,为外泌体检测提供 “定制化识别工具”。
       目前针对外泌体的 SELEX 技术已发展出 5 类主流方法,分别适配不同筛选需求(如普通实验室操作、高灵敏度需求、生理状态外泌体筛选等),以下从 “原理、优势、适用场景” 三维度详细解析:

一、磁珠 - SELEX(MB-SELEX):最通用的 “入门级” 方法

1. 核心原理

       将外泌体(或其靶标蛋白,如 CD63、EpCAM)通过物理吸附或化学偶联固定在磁珠表面,形成 “磁珠 - 外泌体复合物”;加入随机核酸文库孵育后,未结合的游离核酸被洗涤去除,仅保留与外泌体结合的核酸序列;用洗脱液(如酸性缓冲液、竞争抗原)洗脱结合的核酸,经 PCR/RT-PCR 扩增后形成 “富集文库”,重复 3~8 轮筛选,最终获得高特异适配体。

2. 优势与局限

  • 优势:操作简单,无需特殊仪器(普通离心机 + 磁力架即可),磁珠分离效率高,能快速实现 “结合 / 未结合核酸” 的分离;成本低,磁珠耗材易获取,适合普通实验室开展。
  • 局限:外泌体固定在磁珠表面时,可能因空间位阻或构象改变,导致筛选出的适配体无法识别天然状态外泌体;需多轮筛选(通常 5 轮以上)降低非特异性结合。

3. 适用场景

       适合 “外泌体通用检测适配体筛选”(如靶向 CD63、Syntenin-1 等共有蛋白),或初步筛选阶段 —— 例如用磁珠偶联 CD63 蛋白,筛选出的适配体可用于血液中外泌体的快速富集,为后续精准检测奠定基础。

二、微流控 - SELEX(M-SELEX):高效率的 “微型化” 方法

1. 核心原理

       在微流控芯片上构建 “微通道 - 反应腔 - 分离单元” 一体化系统:将外泌体与核酸文库注入微通道,在精准控制的流速、温度、浓度条件下孵育(模拟体内微环境);利用芯片内的过滤膜(截留外泌体 - 适配体复合物)、电极(电泳分离)或免疫捕获模块,分离结合核酸与游离核酸;扩增后的富集文库直接用于下一轮芯片内筛选,实现 “全流程微型化、自动化”。

2. 优势与局限

  • 优势:样品用量极少(仅需微升级,解决临床样本稀缺问题);筛选周期短(3~4 轮即可完成,比磁珠 - SELEX 快 50%);精准控制反应条件,减少非特异性结合,筛选出的适配体亲和力更高(Kd 常达 nM 级)。
  • 局限:微流控芯片制作成本高,需专业光刻、封接技术;操作依赖微流控系统,对实验设备要求较高。

3. 适用场景

       适合 “低丰度临床样本(如早期肿瘤患者血液)的外泌体适配体筛选”,或 “高亲和力适配体需求场景”—— 例如用微流控芯片筛选靶向肺癌外泌体 EGFR 的适配体,检出限可低至 10² 个 /mL,满足肺癌早期诊断需求。

三、硝酸纤维素膜 - SELEX(NC-SELEX):低成本的 “简便型” 方法

1. 核心原理

       利用硝酸纤维素膜对蛋白质 / 外泌体的强吸附性,将外泌体滴加在膜上形成 “斑点”;待膜干燥后,覆盖核酸文库孵育,游离核酸通过洗涤去除,结合核酸被膜截留;用洗脱液回收膜上的结合核酸,扩增后进入下一轮筛选,重复 4~6 轮。

2. 优势与局限

  • 优势:耗材成本极低(硝酸纤维素膜价格仅为磁珠的 1/10);操作步骤极简(无需偶联、离心,仅需孵育 - 洗涤 - 洗脱),适合快速初步筛选。
  • 局限:外泌体在膜上易干燥变形,导致蛋白构象改变,可能筛选出 “仅结合变性外泌体” 的适配体;分离效率低,需多轮扩增弥补信号不足。

3. 适用场景

       适合 “实验室初步探索性筛选”(如验证某外泌体蛋白是否可作为靶标),或 “细菌、真菌外泌体(结构相对稳定)的适配体筛选”—— 例如用 NC-SELEX 筛选靶向大肠杆菌外泌体的适配体,用于食品致病菌快速检测。

四、细胞 - SELEX(Cell-SELEX):贴近生理的 “天然型” 方法

1. 核心原理

       直接以 “分泌外泌体的活细胞” 为筛选靶标(而非分离后的外泌体):将活细胞(如肿瘤细胞、免疫细胞)与核酸文库共孵育,细胞分泌的天然状态外泌体与核酸结合;收集细胞培养液,通过超速离心富集外泌体 - 适配体复合物;洗脱结合核酸并扩增,重复筛选 5~7 轮,获得能识别 “生理状态外泌体” 的适配体。

2. 优势与局限

  • 优势:外泌体无需分离纯化,保持天然构象与活性,筛选出的适配体更贴近体内应用场景;可同时筛选外泌体表面多种蛋白(无需提前确定单一靶标),适合 “未知外泌体标志物” 的挖掘。
  • 局限:细胞分泌的外泌体含量低,需大量细胞培养;可能筛选出 “结合细胞表面蛋白” 的核酸序列,需额外验证适配体与外泌体的特异性结合。

3. 适用场景

       适合 “天然状态外泌体的适配体筛选”(如体内诊断用适配体),或 “未知外泌体标志物研究”—— 例如用肝癌细胞 HepG2 进行 Cell-SELEX,筛选出的适配体可特异性结合肝癌细胞分泌的外泌体,避免正常肝细胞外泌体干扰。

五、毛细管电泳 - SELEX(CE-SELEX):高分辨率的 “精准型” 方法

1. 核心原理

       利用毛细管电泳的 “高分辨率分离能力”:将外泌体与核酸文库在溶液中孵育,形成 “外泌体 - 适配体复合物” 与游离核酸;将混合液注入毛细管,在高压电场下,复合物与游离核酸因电荷、分子量差异产生不同迁移速度,实现精准分离;收集复合物对应的电泳峰,洗脱结合核酸并扩增,重复 3~5 轮筛选。

2. 优势与局限

  • 优势:完全在溶液中筛选,无固定化步骤,外泌体与适配体结合更接近天然状态;分离分辨率极高,能区分 “高亲和结合(慢迁移)” 与 “低亲和结合(快迁移)” 的适配体,直接筛选出高活性序列。
  • 局限:依赖毛细管电泳仪,设备成本高;操作需专业人员(需优化电泳电压、缓冲液 pH 等参数);样品处理量小,不适合大规模文库筛选。

3. 适用场景

       适合 “高特异性、高亲和力适配体的精准筛选”,或 “外泌体亚型区分”—— 例如用 CE-SELEX 筛选靶向卵巢癌外泌体 CA125 的适配体,能精准区分 CA125 阳性与阴性外泌体,辅助卵巢癌分型诊断。

总结:SELEX 技术选择的 “3 步法则”

  1. 看样本与成本:临床稀缺样本选微流控 - SELEX(微量需求),低成本初步筛选选 NC-SELEX;
  2. 看适配体需求:高亲和力、生理活性需求选细胞 - SELEX 或 CE-SELEX,通用常规需求选磁珠 - SELEX;
  3. 看实验条件:普通实验室选磁珠 - SELEX/NC-SELEX,有高端设备选微流控 - SELEX/CE-SELEX。
       SELEX 技术的核心价值在于 “定向进化”—— 通过多轮筛选,让随机核酸文库 “进化” 出精准识别外泌体的能力。随着技术优化(如结合高通量测序加速序列分析、AI 预测适配体结构),未来将更高效地筛选出 “高特异、高亲和、高稳定” 的外泌体适配体,为疾病早期诊断、靶向治疗提供更强力的工具。
http://www.wxhsa.cn/company.asp?id=894

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